在蛋白抗体的研究工作中，为了使生产抗体获得最佳效果，仔细地设计抗原是很有必要的，在免疫过程中，该抗原既不会产生过强的免疫反应，同时又能产生出对目的蛋白有特异性结合能力的抗体。需要我们分析蛋白性质和特点，根据实际应用目的制定抗原制备方案。
 

首先我们要对我们研究的抗原的基础性质分析。我么可以访问一些数据库查看蛋白的修饰情况，结构域特点，剪切加工等情况，如果蛋白质有后加工，应该尽可能选择一个完整“成熟体”区段进行分析。我们以人的肝型糖原磷酸化酶（PYGL，P06737）为例来说明。
 

PYGL的完整氨基酸序列​

 

01  基本性质分析

从下图中可以看到蛋白一些修饰加工等，原核表达系统不具备修饰加工的功能，应尽量避开。还有些蛋白会有信号肽，某些数据库有跨膜区、胞内区和胞外区的区段报道。真核蛋白信号肽在原核中不能加工造成蛋白不表达，所以进行原核表达时要去掉；对于制备抗体一般优先选择胞外区段；跨膜区不但对抗体制备没有贡献，而且还难以在原核表达，因此原核表达制备抗原一定要去除信号肽和跨膜区。

02  跨膜区分析

跨膜区分析的数据库很多，进行跨膜分析时只需要将蛋白整个序列直接拷贝进文本框，即可直接查看结果。对于研究较多的蛋白在有些网站数据库已经给予详细注释说明。

03  同源性分析

通过数据库分析其在同物种中与其他蛋白同源性，这就是所谓的特异性原则；同时要检索其与被免疫宿主的同源性,避免宿主“免疫耐受”。我们在这里选取人和兔子进行blsat发现，特异性非常好。

 

 

04  亲水性，免疫原性，暴露性分析

发现C端的末尾处745-847 aa，亲水性，免疫原性，暴露性三方面都不错。

最后，稀有密码子分析：将整个基因序列输入原核表达宿主密码子分析数据库即可查看结果；连续出现两个或者两个以上的稀有密码子就有可能使表达变得极为困难。

作为抗原使用的重组蛋白，这个蛋白全长有些长，全长表达会有困难，我们可以截取其中抗原性比较好的区段部分重组表达。我们最终将方案确定，综上分析，我们选择745-847 aa区段进行原核表达比较利于抗体制备。将改区段翻译成大肠杆菌偏爱的密码子基因（序列如下），全基因合成后插入原核表达载体，转化大肠杆菌系列载体诱导表达。

QIDNGFFSPKQPDLFKDIINMLFYHDRFKVFADYEAYVKCQDKVSQLYMNPKAWNTMVLKNIAASGKFSSDRTIKEYAQNIWNVEPSDLKISLSNESNKVNGN

本蛋白仅有103个氨基酸，分子量偏小，一方面不利于纯化，另一方面，不符合抗原分子量大、结构复杂原则，所以我们菲恩尽可能与大的融合标签一起表达。我们菲恩具有专利的促融标签可以选择。帮助各位科研学者提供优质的原核蛋白及抗原。

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